Venezia, maggio 1313. Mentre fervono i preparativi per la festa della Sensa, che culminerà con lo Sposalizio del Mare, l'acqua alta trascina in piazza San Marco i cadaveri di tre bambini crocifissi. Un anziano ebreo ingiustamente accusato dell'omicidio si toglie la vita in carcere, lasciando sul muro della cella una frase latina che non svela nulla.
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Ma allora perché si è dato la pena di scriverla con il sangue? La macabra scoperta sembra in qualche modo collegata al Sefer-ha-Razim, il Libro dei Misteri, dettato secondo la leggenda dall'angelo Raziel a Noè che lo trascrisse su una tavoletta di zaffiro. Questo è il mistero che Mondino de' Liuzzi, medico anatomista dello Studium di Bologna, è chiamato a risolvere a Venezia. Ma subito Mondino si scontra con il nobile che ha ordinato l'arresto dell'ebreo, con la donna che ama, con quella che ha amato e forse ama ancora e persino con il suo amico Gerardo. Il giovane, che un tempo aveva fatto parte dell'ordine dei Templari, si rifiuta di aiutarlo, perché anche lui ha una missione da compiere: mettere in salvo la mappa per raggiungere le misteriose Terre Australi al di là dell'oceano, di cui qualcuno ha trovato traccia nel Liber Floridus di Lamberto di Saint-Omer. Ha inizio così una vicenda d'intrigo e di morte, in cui Mondino sfidando il potere di Venezia, e a rischio della sua stessa vita, dovrà sciogliere l'enigma di una stirpe di custodi che risale ai tempi del diluvio, in un'implacabile corsa contro il tempo